根据沼气用途不同，可用两种方法将沼气中的水分去除。
（1）为了满足氧化铁脱硫剂对湿度的要求，对高、中温的沼气温度应进行适当降温，通常是采用重力法，即常用沼气汽水分离器的方法，将沼气中的部分水蒸气脱除。
（2)在输送沼气管路的最低点设置凝水器将分水排除，凝水器的工作原理是：在凝水器内安装水平及竖直滤网，当沼气以一定的压力从凝水器上部以切线方式进入后，沼气在离心力作用下进行旋转，然后依次经过水平滤网及竖直滤网，促使沼气中的水蒸气与沼气分离，而后器内的水滴，沿内壁向下流动，而积存于装置底部并定期排除。这种凝水器分为人工手动和自动排水两种。
（3）填料脱水器，填料脱水器是指在脱水器内设置填料，一般使用不锈钢丝球，增加气体撞击率，从而达到捕出沼气中水分的目的，该方案目前是脱水效果最好的沼气脱水装置，缺点是造价高。
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